Näkemäsi muuntokysymys johtuu siitä, että käyttämäsi ATE ei ole teknisesti hyvin muotoiltu. Jos katsot lähtöä, näet joukon seuraavia varoituksia.

  ======================= ======== *** Avaa Babel-varoitus parseAtomRecord-sovelluksessa. ATE: n spesifikaation mukaan sarakkeissa 77-78 tulisi olla atomin elementtisymboli. mutta OpenBabel löysi '' (atom 276) ================================  

Tämä ketju OpenBabel-postituslistalta sisältää lisätietoja. Pohjimmiltaan virallinen ATE-eritelmä edellyttää, että atomien nimet ovat jokaisen ATOM / HETATM-linjan oikealla puolella. Vanhemmat PDB: t (ja laiska PDB: n tulostusohjelmat) eivät tee sitä.

Suurimmaksi osaksi se toimii, koska atominimikirjaus sisältää normaalisti elementtimerkinnän. Tämän jäsentäminen on kuitenkin hankalaa, koska se ei aina toimi.

Siksi Open Babel tukehtuu. ATE: ssäsi on kultaatomeja, eikä Open Babel osaa käsitellä AU-atomeja. Jos muokkaat manuaalisesti ATOM-rivejä sisältämään Au-kirjaimet sarakkeissa 77-78, Open Babel pystyy tekemään muunnoksen, mutta varoittaa silti C / N / O-atomista, joiden elementtejä ei ole määritetty oikein . - Mutta C / N / O: lle se on okei, koska Open Babel pystyy selvittämään elementin atomin nimestä.

Jos et halua muokata rivejä manuaalisesti, sinun tarvitsee vain siirtää PDB-tiedosto ohjelman kautta, joka voi ymmärtää AU-atomeja ja tuottaa elementin nimen sopivassa sarakkeessa. VMD ei tunnu auttavan (se lukee asiat hyvin, mutta ei lisää elementtimerkintää), mutta PyMol pystyy lukemaan tiedostosta ja kun molekyyli tallennetaan uudelleen, se asettaa oikeat arvot sarakkeisiin 77-78.

"Puuttuvien atomien" osalta PDB-tiedosto sisältää kristallografisen symmetriatietueen neljällä ensimmäisellä rivillä. (CRYST1-, SCALE1-, SCALE2- ja SCALE3-tietueet). Oletan, että puuttuvat atomit liittyvät kristallografisen symmetrian perusteella läsnä oleviin atomiin. Luo nämä atomit käyttämällä ohjelmaa, joka voi käyttää ATE: n symmetriatietueita symmetristen kumppaneiden luomiseen. (PyMol on yksi tällainen ohjelma.)