Lyhyt vastaus ei ole. Et voi määrittää vakiota voimaa järjestelmän atomille tai atomien joukolle.

Jos haluat silti muokata voimavakioita, se tehdään seuraavasti:

1. Gaussian, voit muokata sitä avainsanalla GEOM (IHarmonic = n ), jossa n on osa: $ \ frac {n} {10 ^ 6} $, joka osoittaa vastaava järjestelmään kohdistettu voima. Sen yksiköt ovat $ \ frac {Hartree} {Bohr ^ 2} $. Jos haluat lisätietoja, katso tämä linkki.
2. Jos haluat tuoda tietyn voiman atomiin tai atomien joukkoon MM: ssä, paras tapa tehdä se on oman järjestelmän parametrointi haluamaasi ympäristöön. Tärkein osa on, että sinun on pidettävä mielessä, että pääosan ec oikea osa. minkä tahansa MM: stä kuvaa haluamasi järjestelmän tai järjestelmäjoukon tietyn voimakentän parametrit tietyissä olosuhteissa (esim. aminohapot vedessä, kuten OPLS)

$$ \ vec {F} = \ frac {\ osal V} {\ osittain x} $$

3. Lisäksi puhuessasi QM: n voimista puhut voimista vaikuttavat elektroneihin. Ei atomeilla.
4. Mutta jos haluat silti tietää keinon tietää kuinka elektronien voimat (From DFT) ja samalla ytimet ovat, suosittelen sinua Car-Parrinello. Katso tämä linkki
5. Jos olet erityisen kiinnostunut simuloimaan QM-järjestelmiä elektronien kanssa vaikuttavilla erityisillä voimilla, paras tapa tehdä se (sikäli kuin tiedän ) on kehittää oma tiheysfunktiosi.

Päivitä

I Gaussin syötetiedostoa pyydettiin selvittämään, kuinka avainsana ja syöttö ovat käytetty: Geom (iharmoninen = n ). En löytänyt vastaavaa tiedostoa, sen sijaan annan kokeilun kahdesti laatimalla kaksi syötetiedostoa, joiden arvo on n. Käytetyt Gaussin syötetiedostot olivat:

  chk = Test.chk # p opt b3lyp / 6-31g geom (iharmoninen = n) Test0 1H H 1 0,9 O 2 1,2 1120.  

ja n käytetyt arvot olivat 2 (vasemmalla) ja 20 (oikealla). Molempien simulaatioiden vastaavat energia- ja RMS-profiilit ovat:

Gamessissa voit käyttää myös näitä avainsanoja: Statpt , Force ja siihen liittyvät avainsanat, kuten Zmt . Lisätietoja, katso tämä linkki sivuilla 2-121 ja 2-131.

Tämä on varmasti mahdollista useimmissa MM-paketeissa, joten se on mahdollista myös QM / MM-kautta. Minun piti kaivaa hieman nähdäksesi, miten voisit tehdä tämän jokaisessa ohjelmassa (vihje, se ei ole helppoa).

Gaussianille parasta on lukea erittäin pitkä osa molekyylimekaniikan avustajat.

GAMESS-sovelluksessa sinun on asennettava Tinker -ohjelma ja käytettävä QM / MM-integraatiota.

Avogadro ja Open Babel eivät tällä hetkellä salli mukautettuja voimia, vaikka koodaaminen ei olisikaan liian vaikeaa.

Luulen, että toinen vaihtoehto, riippuen siitä, miksi voimia tarvitset, on käyttää geometristä rajoitusta optimointi. Esimerkiksi tiettyjen etäisyyksien säilyttäminen.

Ongelmana on periaatteessa, että ilman huolta geometrian optimointi pakotetaan käyttämään numeerisia johdannaisia, koska QM- tai MM-ohjelma ei tiedä paljoakaan toiminnallisista muokatun joukkosi muoto.

Jos haluat kykyä kohdistaa voimia ytimiin, muuttaa tasapainogeometriaa, en tiedä ohjelmistoja, joissa olisi "yksinkertainen käyttöliittymä, kuten Avogadro", joka tarjoaa sisäänrakennetun toiminnallisuuden tekemään mitä haluat. Olet todennäköisesti kohtaamassa joko ohjelmointi- tai komentosarjaprojektia tai paljon manuaalista iterointia.

Suosittelen, että tutkit ORCA: ta. ORCA sisältää kyvyn suorittaa geometrian optimointeja järjestelmille, joissa energia- ja kaltevuustiedot lasketaan ulkoisesti ( ExtOpt -tila; katso ORCA v3.0.3 -käyttöoppaan kohta 6.13.5, ladattavissa yllä linkitetystä foorumista). Suunnittelen itse asiassa jotain tällaista, vaikkakin toiminnallisuudella, joka ei ole läheskään yhtä yleistä kuin mitä kuvailette [mielivaltainen $ F (x, y, z) $]. Aion kirjoittaa Python-sovelluksen, joka kutsuu ORCA: ta tässä ExtOpt -tilassa ja sitten jokaisessa ExtOpt -jaksossa:

1. Soittaa normaalin puhelun ORCA: lle yhden pisteen energian ja gradientin laskemiseksi ilman ulkoista voimakenttää
2. Laskee ulkoisen voimakentän osuudet energiaan ja kaltevuuteen
3. Yhdistää QM-energian ja gradientti, jonka ORCA on laskenut voimakentän energialla ja gradientilla
4. siirtää yhdistetyn energian / gradientin takaisin ExtOpt ORCA: lle

ORCA tukee osittain -empiriset menetelmät sekä täydelliset kvanttimenetelmät, joten jopa suurten järjestelmien tulisi olla ajettavissa kohtuullisessa ajassa, kun olet rakentanut toteutusjärjestelmän sen toteuttamiseksi.

MUOKKAA: Sovelluksessasi, jossa yrität simuloida lisääntynyttä painetta, rajoitetun äänenvoimakkuuden lähestymistapa toimisi todennäköisesti melko hyvin käyttämällä paloittain potentiaalifunktiota, jossa $ V = 0 $ sisällä molekyylitilavuus, joka on laskettu tietylle paineelle, ja sitten se nousee erittäin suureksi laatikon rajoilla. Tehtävästä tulee sitten asianmukainen laatikkorajan määrittely, jonka epäilen olevan samanlainen kuin ontelon määritteleminen implisiittisissä solvaatiomalleissa (esimerkiksi COSMO $ ^ 1 $).

$ ^ 1 $ Klamt ja Schüürmann. Perkinsin tapahtumat 2 2 : 799-805 (1993). doi: 10.1039 / P29930000799